Klinik KBB menjalankan berbagai program yang berfokus pada penguatan pengetahuan, layanan pendampingan, dan advokasi bagi masyarakat yang mengalami pelanggaran hak kebebasan beragama atau berkeyakinan. Melalui workshop, pelatihan, penelitian, publikasi, hingga kampanye media, Klinik KBB berupaya membangun pemahaman publik sekaligus memperkuat kapasitas masyarakat dalam merespons isu-isu KBB dan hak asasi manusia lainnya. Selain itu, Klinik KBB juga membuka ruang pengaduan bagi korban atau masyarakat yang ingin melaporkan kasus pelanggaran hak untuk ditindaklanjuti bersama.